Die Akademienunion hat ihre Geschäftsstelle in Mainz sowie ein Büro in Berlin.

Die Geschäftsstelle der Akademienunion unterstützt den Vorstand bei seinen vielfältigen Aufgaben, führt die laufenden Geschäfte der Gremien, Ausschüsse und Arbeitsgruppen der Akademienunion und leistet Presse- und Öffentlichkeitsarbeit. Eine Hauptaufgabe des Dachverbandes der Wissenschaftsakademien ist die Verwaltung und Koordinierung des Akademienprogramms. Außerdem organisiert die Geschäftsstelle die internationalen Beziehungen der Akademienunion, gemeinsame Veranstaltungen wie den jährlichen Akademientag und erbringt weitere Serviceleistungen für die Mitgliedsakademien. Die Geschäftsstelle der Akademienunion wurde 1993 in Mainz eingerichtet, seit 2003 gibt es zudem ein Büro in Berlin.