Der Nuklearmediziner wurde am 21. Oktober 2022 durch das Plenum der Bayerischen Akademie der Wissenschaften zum Präsidenten gewählt. Er tritt die Nachfolge von Prof. Dr. Thomas O. Höllmann an, der die Akademie seit 2017 leitete und von 2018 bis 2022 Vizepräsident der Akademieunion war.

Sein neues Amt hat Prof. Dr. Markus Schwaiger zum Jahreswechsel angetreten. Zu seiner Wahl sagte er: „Es freut mich sehr, bei einer der forschungsstärksten Akademien der Wissenschaften in Deutschland als Präsident aktiv sein zu dürfen.“ Schwaiger war von 1993 bis 2017 Direktor der Klinik und Poliklinik für Nuklearmedizin am Klinikum rechts der Isar der Technischen Universität München. Von 2016 bis 2021 war er Ärztlicher Direktor und Vorstandsvorsitzender des Klinikums. Er ist zudem Mitglied der Nationalen Akademie der Wissenschaften Leopoldina.